あの世とこの世の狭間に位置する世界『シェオル』。そこに建つ光の教会と、その地下に建つ闇の教会――『クレプシドラ』に迷い込んできた謎の少女『イヴ』。自分が何者で、なぜここにいるのかもわからぬまま教会の住人たちに迎えられた彼女は、ここを自分の居場所と決め、個性的でどこか秘密めいた住人たちと次第に心を通わすようになるのだった。
そんなある日のこと。一人のデッダー（死者）が教会に現れ、現世で命を落とした彼の魂の行方を決める“最後の審判”が始まろうとしていた。最後の審判が始まるまでの間、イヴは自らの「ハートシーク」という他人の心を読む能力を使い、デッダーが生前関係した人々の心の奥を垣間見、秘められた彼の真実を明らかにしていく。
はたしてイヴは、デッダーの懺悔する魂を天国へ導くことができるのか!?
“最後の審判”までに残された時間はあとわずか――。